Le Centre CRANIO des HUG est affilié à plusieurs sociétés savantes et associations :
- Société suisse des fentes labiales et palatines et des anomalies crâniofaciales (SGLKG)
- Association des parents d'enfants atteints de fente (VES)
- Association francophone des fentes faciales (AFFF)
- Orphanet
- Association européenne pour les fentes palatines et anomalies crâniofaciales
- Association américaine pour les fentes palatines et les anomalies crâniofaciales (ACPA).