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Thomas Perneger dirige le Service d'épidémiologie clinique des HUG. Il a une formation clinique (doctorat en médecine à Genève, FMH en médecine interne) et méthodologique (master en santé publique, master en biostatistique, PhD en épidémiologie de Johns Hopkins; FMH en prévention et santé publique).
Professeur à la faculté de médecine, il enseigne les statistiques et l'épidémiologie aux étudiants et dirige le Certificat de formation continue en recherche clinique orientée patients.
Ses travaux de recherche concernent l'évaluation des services de santé, le développement d'instruments et méthodes utiles à la recherche clinique, et la qualité des soins. Il est l'auteur de plus de 200 articles scientifiques, revues, ou chapitres de livres.