Surveillance des virus de la grippe humaine en Suisse

En Suisse, le suivi épidémiologie et virologique du virus de l’influenza (grippe) est assuré par le système de déclaration Sentinella (1986) et le système de déclaration obligatoires. Un troisième système, ciblant le suivi de la grippe chez les patients hospitalisés, est également en phase de test depuis 2018.

Parmi les médecins de premier recours (généralistes, internistes et pédiatres) participant au système de déclaration Sentinella, une bonne moitié adressent des prélèvements nasopharyngés prélevés chez certains des leurs patients présentant un syndrome grippal (« influenza-like illness » : fièvre >38°C d'apparition soudaine et toux ou mal de gorge, en l'absence d'un autre diagnostic) au Centre National de Référence de l’influenza (CNRI) au cours de chaque saison de grippe (semaine 40 d’une année à la semaine 16 de l’année suivante). Ce denier assure le diagnostic de l’influenza A et B pour les prélèvements reçus. Pour ceux qui s’avèrent positifs pour l’influenza A et/ou B, une caractérisation minutieuse du (des) virus influenza présents sera effectuée (sous-typage, proximité antigénique par rapport aux souches vaccinales, génotypage et identification d’éventuelles mutations de résistance aux antiviraux).

Vous trouverez sur cette page un compte-rendu du nombre de prélèvements testés, par le CNRI, pour les virus de l'influenza A et B ; ainsi que les résultats relatifs à leur caractérisation.

Nous vous invitons à consulter le site internet de l'Office Fédéral de la Santé Publique, si vous souhaitez un compte-rendu actuel de la situation relative à l'épidémiologie des syndromes grippaux en Suisse. Le seuil épidémique annuel de 68 cas d'affections grippales pour 100'000 habitants a été franchi en semaine 2/2019. https://www.bag.admin.ch/bag/fr/home/krankheiten/ausbrueche-epidemien-pandemien/aktuelle-ausbrueche-epidemien/saisonale-grippe---lagebericht-schweiz.html
 

Compte-rendu le l’activité des virus de la grippe (données du CNRI)

Semaine 16/2019
Mise à jour du 10 mai 2019 (dernière mise à jour pour la saison 2018/19)
Prochaine mise à jour le 30.09.2019
 
Depuis la semaine 40/18, 1001 échantillons ont été testés par le CNRI. Parmi ceux-ci, 401 étaient positifs pour l’influenza. Au cours de la 16ème semaine 2019, le CNRI a reçu 11 échantillons. Un seul était positif. (Tableau 1, graphiques 1 et 2).
 
Tableau 1. Compte-rendu de l’activité des virus influenza humaine au sein de la population Sentinella
 
 
Graphique 1 : Aperçu de l’activité des virus de l’influenza humaine au sein de la population Sentinella et incidence (‰) des syndromes grippaux dans la population Suisse
 
 
Graphique 2 : Pourcentages prélèvements positifs et négatifs pour l'influenza A et B. a) depuis la semaine 40/18. b) au cours de la semaine 16/2019
 
 
Parmi les 399 virus Influenza A testés depuis la semaine 40/18, 176 ont été identifiés comme étant des souches A(H1N1)pdm09 et 216 comme des souches A(H3N2) ; seuls 2 virus influenza B ont été mis en évidence (Graphiques 1 et 3).
 
Graphique 3: Nombre de prélèvements négatifs et positifs pour l'influenza par sous-types A/lignées B depuis la semaine 40/18
 

 
La majorité les virus A(H1N1)pdm09 isolés étaient bien reconnus par le sérum de référence produit contre la souche correspondante présente dans les vaccins antigrippaux, soit la souche A/Michigan/45/2015. A noter que des données récentes d'inhibition de l'hémagglutination effectuées avec des panels de sera humains prélevés chez des individus vaccinés avec des vaccins antigrippaux inactivés triavalents ou quadrivalents, montrent une baisse de la reconnaissance des virus A/H1N1pdm09 porteurs de la substitution S183P dans l'hémagglutinine. L'impact exact de cette reconnaissance réduite sur l'efficience vaccinale est pour le moment inconnue. Toutefois, au vu du nombre croissant de virus isolés récemment porteurs la mutation S183P, la souche A/Brisbane/02/2018 remplacera la souche A/Michigan/45/2015 dans les recommendations vaccinales émises par l'Organisation Mondiale de la Santé pour la saison 2019-2020 de l'hémisphère Nord.
Tous les virus A(H3N2) ont présenté une bonne réactivité avec le sérum de référence contre la souche vaccinale correspondante A/Singapore/INFIMH-160019/2016 (Tableau 2). Les données récentes d'inhibition de l'hémagglutination effectuées avec des panels de sera humains prélevés chez des individus vaccinés avec des vaccins antigrippaux inactivés triavalents ou quadrivalents, suggéreraient une protection sous-optimale contre certains virus A/H3N2 circulants.
 
Tableau 2. Proximité antigénique entre les virus caractérisés au CNRI et les souches vaccinales recommandées par l’organisation mondiale de la Santé pour la saison 2018/19
 
 
Les 51 virus A(H1N1)pdm09 analysés par séquençage de l’hémagglutinine appartennaient au clade 6B.1 (ref: A/Michigan/45/2015). La majorité des virus A(H1N1)pdm09 sont porteurs de la substitution S183P. Des 51 A(H3N2) virus génotypés, 41 appartennaient au sous-clade 3C.2a1b et sont donc génétiquement similaires à la souche vaccinale A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016 (3C.2a1) (Tableau 3). 4 virus A(H3N2) étaient génétiquement apparentés aux virus du groupe 3C.2a2 correspondant à une des souches vaccinales recommandées (A/Switzerland/8060/2017) pour les vaccins antigripaux qui seront utilisés dans l'hémisphère Sud pendant l'année 2019. Finalement, 6 virus A(H3N2) génétiquement similaires aux virus récents du groupe 3C.3a (référence: A/England/538/2018) ont également été identifiés.
 
Tableau 3. Classification génétique des virus caractérisés au CNRI pour la saison 2018/19
 
 
L’identification de mutations de résistance aux inhibiteurs de la neuraminidase (oseltamivir et zanamivir) est effectuée soit par séquençage du gène de la neuraminidase soit sur la base de la réduction de l’activité de la neuraminidase (test MUNANA), soit les deux. Sur les 51 virus A(H1N1)pdm09 et les 50 virus A(H3N2) analysés par séquençage, aucun ne présentait de mutation connue associée à une réduction de l'activité des inhibiteurs de la neuraminisade. La mutation H275Y, associée a une forte réduction de l'activité des inhibiteurs de la neuraminidase, a été mise en évidence dans un isolat A(H1N1)pdm09 provenant d'un patient traité à l'oseltamivir (hors données Sentinella).
 
Remarques :
Une efficacité réduite du vaccin antigrippal, contre les virus de l’influenza A(H3N2), a été mise en évidence sur plusieurs saisons consécutives. Cela peut notamment s’expliquer par :
Les virus influenza A(H3N2) sont plus variables que les virus influenza A(H1N1) et B. Or chaque modification/mutation survenue dans un virus est susceptible d’entraîner des différences entre les souches vaccinales et les virus influenza circulant pendant la saison. Il s’agit de modifications antigéniques et ces dernières sont, pour des raisons encore inconnues, plus fréquentes chez les virus influenza A(H3N2) que chez les deux autres souches. Entre le moment où la composition du vaccin antigrippal est recommandée et celui où le vaccin est administré (plus de 6 mois), les virus A(H3N2) sont plus susceptibles que les virus A(H1N1) ou B d'avoir subi des mutations pouvant avoir un impact sur l'efficacité du vaccin.
Le mode de production principal des souches vaccinales reste, encore aujourd’hui, leur amplification dans des œufs de poule. Mais, alors que tous les virus influenza subissent des mutations induites par ce mode de production, les modifications des virus de l’influenza A(H3N2) ont une tendance accrue de résulter en une modification antigénique que celles d'autres virus influenza. Des modes de production alternatifs existent mais ceux-ci restent encore peu utilisés.
 
Contact :
Pour tout renseignement complémentaire concernant l’activité des virus de la grippe humaine en Suisse ainsi que sur les différents tests et méthodes utilisés pour la caractérisation de ces derniers contacter Ana Rita Gonçalves, 022 372 40 81 ou agnv@hcuge.ch
 
Liens utiles (dernière consultation au 10.05.2019):
Des informations précieuses sur le vaccin et la vaccination antigrippale en Suisse sont disponibles sur le site www.sevaccinercontrelagrippe.ch
Système Sentinella : http://www.sentinella.ch/fr/info
Flu News Europe : https://flunewseurope.org/
Centers for Disease Control and Prevention: https://www.cdc.gov/flu/about/season/current.htm

 

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Dernière mise à jour : 10/05/2019