Surveillance des virus de la grippe humaine en Suisse

En Suisse, le suivi épidémiologie et virologique du virus de l’influenza (grippe) est assuré par le système de déclaration Sentinella (1986) et le système de déclaration obligatoire. Un troisième système, ciblant le suivi de la grippe chez les patients hospitalisés, est également en phase de test depuis 2018.

Parmi les médecins de premier recours (généralistes, internistes et pédiatres) participant au système de déclaration Sentinella, une bonne moitié adressent des prélèvements nasopharyngés prélevés chez certains des leurs patients présentant un syndrome grippal (« influenza-like illness » : fièvre >38°C d'apparition soudaine et toux ou mal de gorge, en l'absence d'un autre diagnostic) au Centre National de Référence de l’influenza (CNRI) au cours de chaque saison de grippe (semaine 40 d’une année à la semaine 16 de l’année suivante). Ce denier assure le diagnostic de l’influenza A et B pour les prélèvements reçus. Pour ceux qui s’avèrent positifs pour l’influenza A et/ou B, une caractérisation minutieuse du (des) virus influenza présents sera effectuée (sous-typage, proximité antigénique par rapport aux souches vaccinales, génotypage et identification d’éventuelles mutations de résistance aux antiviraux).

Vous trouverez sur cette page un compte-rendu du nombre de prélèvements testés, par le CNRI, pour les virus de l'influenza A et B ; ainsi que les résultats relatifs à leur caractérisation.

Nous vous invitons à consulter le site internet de l'Office Fédéral de la Santé Publique, si vous souhaitez un compte-rendu actuel de la situation relative à l'épidémiologie des syndromes grippaux en Suisse. Le seuil épidémique annuel est de 69 cas d'affections grippales pour 100'000 habitants pour la saison 2019/2020. Ce dernier a été franchi en semaine 02/2020.

https://www.bag.admin.ch/bag/fr/home/krankheiten/ausbrueche-epidemien-pandemien/aktuelle-ausbrueche-epidemien/saisonale-grippe---lagebericht-schweiz.html

 

Compte-rendu le l’activité des virus de la grippe (données du CNRI)

Semaine 13/2020
Mise à jour du 31 mars 2020
 

En semaine 13/2020, 7 échantillons ont été analysés par le CNRI, dont 2 positifs pour le SARS-CoV-2 (COVID-19) mais tous négatifs pour l'influenza.  Depuis la semaine 40/19, 1095 prélèvements ont été testés pour l'influenza. Depuis la semaine 12/20 , 114 prélèvements ont été testés pour le SARS-CoV-2. (Tableau 1, Graphiques 1 et 2)

Tableau 1. Compte-rendu de l’activité des virus influenza humaine et SARS-CoV-2 au sein de la population Sentinella

 

Graphique 1 : Aperçu de l’activité des virus de l’influenza humaine et du SARS-CoV-2 au sein de la population Sentinella et incidence (‰) des syndromes grippaux dans la population Suisse

 
 
  

Parmi les 487 virus Influenza  testés depuis la semaine 40/19, 205 ont été identifiés comme étant des souches A(H1N1)pdm09 et 97 comme des A (H3N2) ; 178 virus Influenza B ont été mis en évidence, dont 177 appartiennent à la lignée Victoria (Graphiques 1 et 3).

 

Graphique 2 : Pourcentages de prélèvements positifs et négatifs pour l'influenza A et B. Depuis la semaine 40/19 (gauche). Au cours de la semaine 13/20 (droite)

 

Graphique 3: Nombre de prélèvements négatifs et positifs pour l'influenza par sous-types A/lignées B depuis la semaine 40/19

 

 

Proximité antigénique (dernière mise à jour 11.03.2020)

Les 26 virus A(H1N1)pdm09 testés depuis le semaine 40/19 sont bien reconnus par le sérum de référence produit contre la souche correspondante présente dans les vaccins antigrippaux, soit A/Brisbane/02/2018. 

De même, 4 virus A(H3N2) testés présentent une bonne réactivité avec le antisérum de référence contre la souche vaccinale correspondante A/Kansas/14/2017 (Tableau 2). Un des 1 virus testés était moins bien reconnu par antisérum contre la souche  A/Kansas/14/2017.

Les 20 influenza B testés sont soit reconnus, soit faiblement reconnus par l'antisérum produit contre la souche vaccinale B/Colorado/06/2017. Tous étaient bien reconnus pas l'antisérum contre la souche B/Washington/02/2019.

La proximité antigénique est déterminée sur la base du test d'inhibition de l'hémagglutination. Les réactifs de référence nécessaires à ce dernier sont fournis par le Worldwide Influenza Centre (Londres).

 
Tableau 2. Proximité antigénique entre les virus caractérisés au CNRI et les souches vaccinales recommandées par l’organisation mondiale de la Santé pour la saison 2019/2020
 
 
 
 

Phylogénie (dernière mise à jour 11.03.2020)

Vingt-deux virus A(H1N1)pdm09 analysés par séquençage de l’hémagglutinine sont génétiquement apparentés  à la souche A/Switzerland/3847/2018 (clade 6B.1A5), 2 à la souche A/Switzerland/3330/2018 (clade 6B.1A5B) et 1 à la souche A/Bretagne/1920/2019 (clade 6B.1A7). 

Quatre des 7 virus A(H3N2)  génotypés appartiennent à deux sous-groupes du clade 3C.2a1b (Tableau 3).  Ils sont génétiquement distincts de la souche vaccinale A/Kansas/14/2017 (clade 3C.3a) et peuvent être moins bien couverts par les réponses immunitaires humaines induites par le vaccin. Trois des 7 virus A(H3N2)  génotypés sont génétiquement apparentés à la souche vaccinale A/Kansas/14/2017 (clade 3C.3a). 

Les 18 virus influenza B testés appartiennent au clade 1A(del3)B caractérisé par une triple délétion (1A (del 162-164)). Aucun virus du clade contenant une double délétion comme le virus vaccinal B/Colorado/06/2017 (1A (del 162-163)) n'a été mis en évidence en Suisse pour le moment. 

Tableau 3. Classification génétique des virus caractérisés au CNRI pour la saison 2019/2020

 
 

Résistances aux inhibiteurs de la neuraminidase (dernière mise à jour 11.03.2020)

Aucune mutation associée à une réduction de l'efficacité des inhibiteurs de la neuraminidase n'a été mise en évidence parmis les prélèvements A(H1N1)pdm09, A(H3N2) et B analysés par séquençage de la neuraminidase au CNRI.
 
 
 
 
  
Remarques :
Une efficacité réduite du vaccin antigrippal, contre les virus de l’influenza A(H3N2), a été mise en évidence sur plusieurs saisons consécutives. Cela peut notamment s’expliquer par :
Les virus influenza A(H3N2) sont plus variables que les virus influenza A(H1N1) et B. Or chaque modification/mutation survenue dans un virus est susceptible d’entraîner des différences entre les souches vaccinales et les virus influenza circulant pendant la saison. Il s’agit de modifications antigéniques et ces dernières sont, pour des raisons encore inconnues, plus fréquentes chez les virus influenza A(H3N2) que chez les deux autres souches. Entre le moment où la composition du vaccin antigrippal est recommandée et celui où le vaccin est administré (plus de 6 mois), les virus A(H3N2) sont plus susceptibles que les virus A(H1N1) ou B d'avoir subi des mutations pouvant avoir un impact sur l'efficacité du vaccin.
Le mode de production principal des souches vaccinales reste, encore aujourd’hui, leur amplification dans des œufs de poule. Mais, alors que tous les virus influenza subissent des mutations induites par ce mode de production, les modifications des virus de l’influenza A(H3N2) ont une tendance accrue de résulter en une modification antigénique que celles d'autres virus influenza. Des modes de production alternatifs existent mais ceux-ci restent encore peu utilisés.
 
Contact :
Pour tout renseignement complémentaire concernant l’activité des virus de la grippe humaine en Suisse ainsi que sur les différents tests et méthodes utilisés pour la caractérisation de ces derniers contacter Ana Rita Gonçalves, 022 372 40 81 ou agnv@hcuge.ch
 
 
 
 
Liens utiles (dernière consultation au 31.03.2020):
 
 
Des informations précieuses sur le vaccin et la vaccination antigrippale en Suisse sont disponibles sur le site www.sevaccinercontrelagrippe.ch
Système Sentinella : http://www.sentinella.ch/fr/info
Flu News Europe : https://flunewseurope.org/
Centers for Disease Control and Prevention: https://www.cdc.gov/flu/weekly/

 

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Dernière mise à jour : 31/03/2020