Recherche

Recherche génomique 

Le laboratoire de recherche génomique a développé une plate-forme génomique très complète qui a permis de nouer des synergies importantes entre la bio-informatique, le séquençage à haut niveau, la génomique et la génétique microbienne (technique des microarrays). L’étude des mécanismes de résistance aux traitements antimicrobiens de Staphylococcus aureus, de sa survie intracellulaire et de la formation de biofilm (un mode de croissance qu’adopte cette bactérie lorsqu’elle se trouve en contact avec des surfaces cellulaires ou des biomatériaux) sont les principaux thèmes de recherche actuels. Le laboratoire de recherche génomique est également activement impliqué dans la métagénomique qui étudie le rôle des flores bactériennes dans les processus biochimiques du fonctionnement du corps humain.

 

Bactériologie

Le développement de nouvelles méthodes d’identification bactérienne en collaboration avec l’industrie par les méthodes de spectroscopie de masse classique et easy-MS, l’application du séquençage de dernière génération à des questions cliniques ainsi que la recherche clinique constituent l’essentiel des travaux de recherche en cours au laboratoire de bactériologie. Concernant les analyses bactériologiques de routine et les projets de recherche translationnels, une intensive collaboration intra-HUG s’est mise en place au fil des ans incluant les acteurs suivants : la médecine dentaire, le contrôle de l’infection, les soins intensifs, la pédiatrie (ostéomyélites à Kingella kingae), la chirurgie reconstructive (projet noma), la pharmacie et le centre de thérapie cellulaire (contrôles de qualité) ainsi que le centre de transfusion sanguine (hémovigilance).

 

Résistance antimicrobienne

Depuis 2014, de nouvelles méthodes de détection des résistances antimicrobiennes sont développées et des recherches soutenues par le Fond National Suisse sont menées pour identifier de nouveaux marqueurs moléculaires capables de détecter l’émergence de la résistance aux glycopeptides chez les staphylocoques dorés.

 

Microbiologie translationnelle

Les infections causées par des germes multi-résistants sont un problème majeur de santé publique. Confronté à une carence en nouveaux antibiotiques, il est essentiel de développer de nouvelles approches antimicrobiennes. Le laboratoire de microbiologie translationnelle s’inscrit directement dans cette démarche en investiguant des approches antibactériennes axées sur l’inhibition de la virulence et la compétition entre les espèces bactériennes. Il utilise comme modèle les infections à Pseudomonas aeruginosa chez des patients hospitalisés en milieu de soins intensifs, ainsi que chez des patients transplantés pulmonaires. Les projets de recherche développés dans ce groupe s’appuient sur des méthodes d’analyse directe de la flore et des pathogènes respiratoires dans le patient (métagénomique), ainsi que des études in vitro permettant de décrypter les interactions bactériennes afin de trouver de nouvelles cibles thérapeutiques. Le laboratoire est aussi directement impliqué dans des projets européens visant à développer de nouveaux antimicrobiens, ainsi que dans des projets visant la mise au point de nouveaux bandages pour traiter les grands brûlés, en alliant des molécules antibactériennes ainsi que des facteurs de croissance pour une reconstitution rapide de la peau (liste des publications disponibles sous : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=van+Delden+C+and+pseudomonas).

 

Virologie

Le groupe de recherche a été mis en place en 2005 par la Dre Caroline Tapparel au sein du département des spécialités de médecine en collaboration avec le Pr Laurent Kaiser et le laboratoire de virologie. Il étudie la diversité génétique et phénotypique des rhinovirus et entérovirus, deux importants pathogènes humains. Grâce à des outils de biologie moléculaire, cellulaire ainsi que par des approches biochimiques, le groupe de recherche tente d’identifier les déterminants génétiques qui confèrent à ces virus certains traits pathogéniques, tels que virulence ou neurotropisme. En outre, il utilise des modèles d'épithélium des voies respiratoires humaines pour étudier les interactions entre les rhinovirus et l’hôte, ou entre les rhinovirus et d'autres agents pathogènes respiratoires. Ce domaine de recherche est essentiel dans la perspective de développement d'antiviraux et / ou de vaccins contre ces agents infectieux très communs.

 

Recherche sur les rhinovirus et les enterovirus

L'équipe de recherche étudie la diversité et les capacités évolutives des rhinovirus et des enterovirus.Le rhinovirus est la cause principale d’infections des voies respiratoires supérieures chez l’homme et également fréquemment associé à des exacerbations de troubles respiratoires préexistants tels que l'asthme ou la mucoviscidose. Les entérovirus regroupent quant à eux d’importants pathogènes humains neurotropes tels que le poliovirus ou l’entérovirus 71. Les rhinovirus et entérovirus sont caractérisés par une importante variabilité génétique et phénotypique, ce qui complique le développement d’antiviraux ou de vaccins. Le groupe de recherche tente d'améliorer la compréhension de cette diversité. Les mutations et la recombinaison sont étudiées in vitro grâce à la génétique inverse mais également in vivo au cours d’infections de sujets immuno-compétents et immunosupprimés.  Le groupe investigue également les corrélations entre caractéristiques génomiques et pathogénèse virale.

 

VIH - Sida

L’équipe de recherche au sein de la consultation ambulatoire de maladies infectieuses centre ses activités sur les effets indésirables potentiels du traitement antirétroviral (trithérapie) ; ainsi, nous conduisons une étude clinique permettant de comparer l’efficacité des traitements visant à abaisser le cholestérol (les statines) chez des patients porteurs du VIH, afin d’évaluer si leur efficacité mériterait une prescription plus large.

Nous sommes également le site de référence pour l’étude suisse de cohorte (SHCS) à Genève et coordonnons ainsi, non seulement les patients suivis par notre centre, mais également le réseau constitué par des médecins travaillant en ville.

Dans le cadre de l’étude suisse de cohorte (www.SHCS.ch), de nombreuses études portant sur des nouvelles thérapies antirétrovirales, ou encore sur l’évaluation des troubles rénaux, osseux ou cardiaques présentés par les personnes porteuses du VIH permettent une recherche intégrée au suivi clinique, assurant ainsi des soins de qualité aux patients et une recherche de pointe.

 

Prévention et traitement des infections dans le domaine orthopédique

La prévention des infections en chirurgie est un sujet vaste, qui implique des mesures pré-, péri- et post-opératoires. Très souvent, les patients victimes d'une infection ostéo-articulaire nécessiteront un suivi à vie, qu'il s'agisse d'une pathologie orthopédique (infection de prothèse), d'une fracture ouverte infectée ou d'un problème de pied diabétique infecté. Bien que relativement rares, les infections ostéo-articulaires constituent un défi pour les équipes soignantes (médecins, infirmières et physiothérapeutes) et une épreuve pour les patients. Dans notre hôpital, la prise en charge des patients avec une infection ostéo-articulaire est multidisciplinaire, réunissant les compétences spécialisées et acquises de longue date de chacun(e). Enfin, s'agissant de problématiques complexes, nous menons en parallèle plusieurs projets de recherche scientifiques et cliniques afin d'assurer aux patients le meilleur traitement possible. 

 

Infections chez les patients immunosupprimés

Les Hôpitaux universitaires de Genève sont un des centres de transplantation de cellules souches hématopoïétiques et d’organes solides (foie, rein, pancréas, îlots de Langerhans) en Suisse. De plus. les HUG suivent un grand nombre de patients transplantés pulmonaires et cardiaques. De par leur immunosuppression chronique ces patients ont un risque infectieux particulièrement élevé. L’équipe de recherche de la consultation infectiologique des patients immunosupprimés centre ses projets de recherche sur l’épidémiologie, la prévention et le traitement des infections survenant chez ces patients transplantés. Elle est fortement impliquée dans des études multicentriques suisses, notamment sur les infections fongiques chez ces patients, utilisant comme plateforme de recherche la base de donnée de la « Cohorte Suisse de Transplantation » (STCS, www.stcs.ch) (Voir la liste des publications disponibles).

 

Radicaux libres et cellules souches

Le laboratoire de recherche se concentrant sur les radicaux libre et les cellules souches est fait des études sur la granulomatose chronique, une maladie génétique caractérisée par un manque de NADPH oxydase résultant dans une incapacité de leucocytes de générer des radicaux libres. Cette maladie prédispose aux maladies infectieuses et aux maladies inflammatoires.
Récemment, le laboratoire s’est particulièrement intéressé à la relation entre la granulomatose chronique et les infections aux mycobactéries.
Dans le domaine des cellules souches, le Pr Krause est responsable du laboratoire de thérapie cellulaire expérimentale des HUG. En plus de la thérapie cellulaire, le laboratoire s'intéresse également à l'application de cellules souches aux études de maladies infectieuses. En particulier, le laboratoire a développé des approches en ingénierie tissulaire afin d'étudier les infections du système nerveux central humain.